Un equipo de cine van a rodar una película a la misteriosa isla de Teschio, al este de Sumatra. Allí los recién llegados descubren la existencia de una civilización prehistórica y de una tribu ancestral que secuestra a la atractiva Ann, la actriz protagonista, para ofrecerla en sacrificio ritual a King, un gigantesco gorila.
Desde el inicio de los tiempos Apocalipsis, el mutante más poderoso que ha existido nunca, era adorado como un dios mientras acumulaba los poderes del resto de mutantes convirtiéndose en un ser inmortal. Tras miles de años dormido, despierta en un mundo que no le gusta y por ello recluta un equipo, encabezado por Magneto, para acabar con toda la humanidad y crear un nuevo orden mundial. Pero el Profesor X, con la ayuda de Mística, se unirá a un grupo de jóvenes mutantes para tratar de detener al mayor enemigo contra el que se hayan enfrentado jamás.